Neuvième Docteur

Interprété par Christopher Eccleston lors du retour de la série en 2005, le 9e Docteur, contrairement aux attirails fantaisistes de toutes ses autres incarnations, porte simplement une veste en cuir et a les cheveux très courts. Il apparaît dans le premier épisode de la nouvelle série, enquêtant sur des mannequins de plastique (Autons) contrôlés par la conscience Nestène, et rencontre à cette occasion Rose Tyler ; celle-ci l'accompagne alors dans ses voyages.

L'histoire révèle progressivement qu'entre la série d'origine et la nouvelle, a eu lieu la dernière grande Guerre du Temps, qui a eu pour effet la destruction totale des Daleks et des Seigneurs du Temps - le Docteur étant à la fois le responsable de l'issue de cette guerre et le seul survivant. Au début assez sombre, ce qui effraie sa compagne Rose, il se déride grâce à sa présence à ses côtés. Souvent joyeux ou plaisantin, il est aussi bien plus torturé que ses prédécesseurs, marqué à vie par cette Guerre du Temps, et n'hésite pas à devenir violent quand la situation l'exige ; il est stupéfait de découvrir, dans l'épisode Dalek, qu'un Dalek a également survécu. Ce dernier, ayant utilisé l'ADN de Rose pour se remettre d'aplomb, se découvre alors des caractéristiques humaines, se déteste puis met fin à sa propre vie.

La phrase fétiche du Docteur est « Fantastique ! », qu'il prononce souvent dans les moments d'excitation face à un événement particulièrement dangereux. Il parle quelques fois de bananes, comme dans Le Docteur danse. Il accueille brièvement Adam Mitchell à bord du TARDIS, mais l'en expulse vite lorsque celui-ci fait preuve de cupidité et d'imprudence.

À la fin de la saison 1, le Docteur se retrouve à nouveau face aux Daleks, cette fois par millions, et avant une tentative de mission suicide, il force Rose à retourner à son époque à bord du TARDIS, lui laissant pour instruction de laisser le TARDIS mourir et de mener une belle vie. Rose refuse de s'y résoudre, et avec l'aide de sa mère (Jackie) et de son petit-ami (Mickey), ouvre le panneau de contrôle du TARDIS et y voit l'âme de celui-ci ; elle le ramène ainsi à l'instant où se trouve le Docteur, et, devenue toute puissante, détruit les Daleks. L'énergie temporelle absorbée étant trop pour elle, le Docteur l'absorbe à sa place et ramène Rose dans le TARDIS. Lorsqu'elle reprend conscience, elle ne se rappelle pas l'événement, mais le Docteur souffre fatalement de l'énergie qu'il a absorbée. Il explique à Rose qu'il va changer, lui dit au revoir, et se régénère.