Onzième Docteur

Juste après sa régénération, son TARDIS s'écrase dans le jardin d'une petite fille de sept ans, Amelia Pond, avec qui il fait connaissance. Le Docteur doit ensuite retourner à son TARDIS pour le réparer, et lui promet de revenir dans cinq minutes, mais atterrit malencontreusement douze ans plus tard, pour être confronté à Amelia devenue adulte. Celle-ci a grandi en le vénérant et en rêvant de son retour, malgré toutes les tentatives de rationalisation de ses proches. Après, de nouvelles péripéties et un nouveau saut accidentel, de deux ans, le Docteur l'emmène enfin voyager dans son TARDIS.

Au cours de la saison 5, le fiancé d'Amy, Rory, se joint à eux et devient également compagnon du Docteur.

Au début de la saison 6, une version plus vieille de 200 ans du Docteur convie Amy, Rory, River Song et sa propre version actuelle à assister à son assassinat, par un astronaute mystérieux en Utah, le 22 avril 2011. Le fil rouge de la saison devient alors le mystère de sa mort.

Il apparaît en outre, au fil de ses aventures, que le Docteur est devenu une figure de légende, adorée par certains et crainte par d'autres, à travers l'univers. Il est révélé que l'organisation connue sous le nom du Silence veut sa mort. Progressivement accablé par l'impact qu'il a sur les vies de ses proches, il décide de s'en séparer et voyage seul pendant plusieurs décennies.

Dans Le Mariage de River Song, il affronte à sa propre mort, organise les événements du début de la saison, et va rencontrer le mystérieux astronaute, qui est en fait River Song. Celle-ci refuse de le tuer, mais sa mort étant un point fixe dans le temps, ceci cause une désintégration du temps, comprimant toute l'Histoire dans une réalité alternative où le temps est figé. Le Docteur y retrouve River et la convainc de le tuer, ce qu'elle fait. Il est ensuite révélé que ce n'est pas réellement le Docteur qui a été tué, mais qu'il a utilisé le Tesselecta, un robot humanoïde capable de prendre son apparence, pour faire croire à sa mort.

Ceci lui permet de retourner dans l'ombre et de se faire oublier de la plupart de ses ennemis. Notamment, au tout début de la saison 7, il s'est effacé de toutes les bases de données de l'Univers.

La première partie de cette saison explore également sa relation avec Amy et Rory, et les risques qu'ils prennent à voyager avec lui. Ceux-ci continuent jusqu'à ce qu'ils soient piégés par un Ange Pleureur qui les renvoie en arrière dans le temps et empêche le Docteur de les revoir à tout jamais, à cause d'un paradoxe.

Par la suite, l'épisode spécial de Noël La Dame de glace le montre aigri et reclus, dévasté par sa perte, et refusant d'aider les gens. Il est tiré de sa solitude par sa rencontre avec une jeune femme dénommée Clara, qu'il s'apprêtait finalement à emmener voyager lorsqu'elle meurt. C'est à cet instant qu'il réalise l'avoir déjà rencontrée, dans L’Asile des Daleks, sous le nom d'Oswin Oswald, personnage également mort peu après sa rencontre avec le Docteur. Intrigué par le mystère de cette double identité et surtout de cette double mort, il décide d'enquêter, et finit par rencontrer une troisième version de la même personne, appelée Clara Oswald. Celle-ci devient sa nouvelle compagne et voyage avec lui au cours de la seconde partie de la saison 7. Lors du dernier épisode de la saison 7, le Docteur découvre sa tombe, qui renferme sa ligne temporelle. Son ennemi La Grande Intelligence, voulant détruire le Docteur, entre à l'intérieur de sa ligne temporelle et tue le Docteur à chaque instant de sa vie. Afin de le sauver, Clara y pénètre à son tour : c'est ainsi que de nombreux « exemplaires » de Clara croisent le Docteur tout au long de son existence, y compris les deux précédemment vus au cours de la saison 7, le mystère autour de Clara étant alors résolu.

À l'issue de l'épisode de Noël 2013 L'Heure du Docteur, le 11e Docteur est censé mourir définitivement de son grand âge car il a épuisé ses douze régénérations (qui comprennent la création du double du 10e Docteur et la régénération du 8e en "War Doctor"). Mais il reçoit un nouveau cycle de régénérations de la part des Seigneurs du Temps par une faille entre son univers et le leur et peut ainsi se régénérer.

Le 11e Docteur porte une veste en tweed ainsi qu'un nœud papillon car pour lui « les nœuds-pap' sont cools ». Il aime à s'affubler de chapeaux extravagants, comme un fez ou un Stetson. Dans la seconde partie de la saison 7, sa veste en tweed est remplacée par un gilet assorti d'une redingote, et ses nœuds-papillon passent d'une alternance bleu-rouge à des couleurs plus sombres et ont souvent des motifs.

Sa phrase fétiche est « Géronimo ! », mais quelques fois il la change par « Yowzah ! ».